تحدث الطفرات لأسبابٍ مختلفةٍ:
- فشل استنساخ الحمض النووي الريبوزي منزوع الأوكسجين بدقةٍ:
تحدث معظم الطفرات التي نعتقد بأهميتها للتطور "بشكلٍ طبيعيٍ". فعلى سبيل المثال، تنسخ الخلية حمضها النووي الريبوزي منزوع الأوكسجين عندما تنقسم، وفي بعض الأحيان لا تكون النسخة مثاليةً تماماً. ذلك الاختلاف الصغير عن تسلسل الحمض النووي الريبوزي منزوع الأوكسجين الأصلي هو طفرةٌ.
- يمكن للتأثيرات الخارجية أن تخلق طفراتٍ: يمكن للطفرات أيضاً أن تَنتُج بسبب التعرض لموادٍ كيميائيةٍ أو إشعاعيةٍ محددةٍ. حيث تتسبب هذه العوامل في تكسّر الحمض النووي منقوص الأوكسجين. ولا يكون ذلك غير طبيعيٍ بالضرورة، فالحمض النووي منقوص الأوكسجين يتكسر حتى في أكثر البيئات عزلةً وتحفّظاً. وبالرغم من ذلك، قد لا تقوم الخلية بعملٍ متقنٍ في إصلاح الحمض النوويّ عندما تقوم به. لذلك سينتهي الحال بخليةٍ بحمضٍ نوويٍ مختلفٍ قليلاً عن الحمض النووي الأصلي، وبالتالي طفرةٌ.